Spisy, o kterých víme, že existovaly, ale nedochovaly se:

  1. Listy sv. Františka kardinálu Hugolinovi z Ostie (1Cel 100: Kdykoli mu totiž v záležitosti řádu psal, nebo spíše když psal puzen Kristovou láskou, kterou k němu pociťoval, neoslovoval ho jen: biskup z Ostie nebo z Velletri, jak obvykle činili ostatní, nýbrž rozšiřoval pozdravnou formuli takto: »Nejdůstojnějšímu Otci« nebo »Panu Hugovi, biskupovi celého světa«.Často ho také pozdravoval neobvyklými požehnáními. Ačkoliv mu byl věrně oddaným synem, přece ho někdy z vnuknutí svatého Ducha utěšoval otcovskou domluvou, aby se nad ním upevnilo požehnání Otců, dokud se na něm nenaplní touha po věčných pahorcích.) Jejich obsah se nedochoval, i když by nám jistě prozradily mnohé jak o vztahu těchto dvou mužů, tak i o problémech, které sv. František s kardinálem protektorem řešil.

  2. Tomáš z Celana se také zmiňuje o dalším literárním druhu, který používal sv. František: (1Cel 82) dal-li psát několik řádek jako pozdrav nebo napomenutí. U těchto pozdravů a napomenutí nemůžeme předpokládat, že se nám dochovaly všechny. Co však je neméně důležité, je poznámka, kterou Celano pokračuje: nestrpěl, aby bylo některé písmeno nebo slabika vyškrtnuta, i když byla zbytečná nebo nesprávná, což vysvětluje některé jazykové zvláštnosti Františkových textů.

  3. Sv. Klára se ve své Závěti (34) zmiňuje: A nespokojil se s tím, že nás za svého života povzbuzoval mnohými promluvami a příklady k lásce, k přesvaté chudobě a k jejímu zachovávání, ale předal nám mnohé písemně. Z formulace mnohé písemně se dá usuzovat, že se nejedná pouze o ty tři dochované spisy, ale že František Kláře a sestrám adresoval písemností více, jenže se nám nedochovaly.

  4. Nedochovala se nám také původní forma Řehole, o které se zmiňuje sám František ve své Závěti: To jsem několika slovy a jednoduše dal sepsat a pan papež mi to potvrdil (ZávFr 15). Existovala tedy v písemné formě, kterou papež Inocenc III. roku 1209/10 potvrdil. Můžeme však plným právem předpokládat, že tato prvotní řehole je jádrem Nepotvrzené řehole, takže její obsah jako takový se neztratil, a ani ztratit nemohl, neboť žil jeho nositel (sv. František), který ho do Nepotvrzené řehole přenesl.

  5. Dalším nedochovaným textem je List svaté Alžbětě Uherské.